地図からアプリを削除すると端末からもそのアプリがアンインストールされますか？

地図から削除しても、アプリはアンインストールされません。
APiN の地図、お気に入り、「今だけ保存」からアイテムを削除しても、スマートフォン本体からそのアプリがアンインストールされることはありません。

地図のピンは長押し、お気に入りは「お気に入りの管理」またはホームのお気に入りから削除できます。
「今だけ保存」は長押しで手動削除できます。いずれも APiN 上の登録を解除する操作です。

端末からアプリ自体を削除したい場合は、各 OS の通常のアンインストール操作を行ってください。